Я думаю, что здесь происходит то, что во втором Nib есть экземпляр класса AppDelegate, но другие объекты его не сохраняют. Поэтому он создается и сразу же выпускается. Если вы добавили сохраненное свойство в контроллер представления, подключенный к AppDelegate, то оно не будет немедленно освобождено.
Вы можете иметь несколько объектов, которые реализуют протокол UIApplicationDelegate, но это обычно не делается, потому что 90% поведения будет идентичным во всех случаях.