Можно ли использовать элемент disabledOn с ресурсами в связанном шаблоне? Или другие методы для принудительного развертывания связанных ресурсов шаблона перед ресурсом в основном шаблоне?
Нет, невозможно - вам нужно установить зависимость зависящий от / от самого вложенного ресурса развертывания, например,
"dependsOn": [ "[resourceId('Microsoft.Resources/deployments', 'myLinkedDeploymentName')]" ]