Просто используйте всегда, используйте substring()
вместо charAt()
muutettu1 += toka.substring(0,1) + toka.substring(1,2) + eka.substring(2);
muutettu2 += eka.substring(0,1) + eka.substring(1,2) + toka.substring(2);
например. когда позиция не фиксированные значения, а переменные
muutettu1 += toka.substring(x,x+1) + toka.substring(y,y+1) + eka.substring(z);
muutettu2 += eka.substring(x,x+1) + eka.substring(y,y+1) + toka.substring(z);
где x, y, z - переменные, содержащие позиции, из которых нужно извлечь