Они очень многое объясняют на этом самом сайте:
В сети есть сайты, которые специализируются на сборе данных регистрации и сервера имен. [..] CloudFlare поддерживает около 391 сервера имен, и клиенты должны изменить серверы имен при регистрации, чтобы использовать большинство сервисов. Домену каждого клиента назначается два сервера имен. Это упрощает проверку того, какие домены зависят от CloudFlare, и помогает нам поддерживать относительно постоянную актуальность наших списков доменов.
Другими словами, они просматривают общедоступные данные сервера имен и отфильтровывают домены, в которых их серверы имен направлены на один из серверов имен CloudFlare.