Я не знаю ничего подобного в YML (или Json, или XML), так как это только текстовые форматы, а концепция устаревания вообще отсутствует.
Вы можете вводить и использовать, какое-то внутреннее соглашение, и убедитесь, что все будут следовать ему в вашем контексте.
Например, добавьте расширение файла .deprecated и опишите его в документации проекта.
Или - для автоматизацииэто - добавить некоторый конкретный комментарий в файл yaml, который будет проверен вашим механизмом сборки, и отобразить соответствующее сообщение во время процесса сборки.
Надеюсь, это поможет!