Мне нужно рассчитать наследуемость для "Mean_radius" в моих данных. Я использую пакет sommer и lme4 в R для вычисления дисперсии, и поэтому я могу сравнить их результаты. Я установил «mean_radius» как фиксированный эффект, а «Isolate» (отдельные лица), «Set» (дата сбора данных о mean_radius) и «Replicate» как случайный эффект. Но я получаю странные результаты ...
Q1: дисперсия для повторений всегда равна нулю, хотя три повторения для каждого изолята не являются одинаковыми значениями. Я не понимаю, как дисперсия для дубликатов может быть нулевой? Я думаю, что должно быть что-то не так, но я могу это выяснить.
Q2: почему два пакета, использующие одну и ту же модель, приводят к разным числам для дисперсии, например, дисперсия для Isolate?
Можеткто-нибудь мне помочь? Я пытался найти проблему в течение двух дней ...
Коды:
Y<- read.table("Book1.txt", head = TRUE)
head(Y)
attach(Y)
для пакета lme4
Radius_varcomp <- lmer(Mean_Radius~(1|Isolate) +(1|Set)+(1|Isolate:Set) + (1|Replicate))
Результат:
Groups Name Variance Std.Dev.
Isolate:Set (Intercept) 9.719e-05 0.0098585
Isolate (Intercept) 4.552e-07 0.0006747
Set (Intercept) 5.157e-06 0.0022709
Replicate (Intercept) 0.000e+00 0.0000000
Residual 4.851e-06 0.0022025
для летнего пакета
ans2 <- mmer(Mean_Radius~1, random=~Isolate+Set+Isolate:Set +Replicate,data=Y)
summary(ans2)$varcomp
Результат: > summary(ans2)$varcomp
VarComp VarCompSE Zratio Constraint
Isolate.Mean_Radius-Mean_Radius 0.000000e+00 2.988808e-25 0.000000e+00 Positive
Set.Mean_Radius-Mean_Radius 1.478642e-03 1.013914e-21 1.458350e+18 Positive
Isolate:Set.Mean_Radius-Mean_Radius 3.308684e+06 2.839923e-22 1.165061e+28 Positive
Replicate.Mean_Radius-Mean_Radius 0.000000e+00 1.262430e-08 0.000000e+00 Positive
units.Mean_Radius-Mean_Radius 4.689617e-06 2.023829e-07 2.317200e+01 Positive
Доступ к данным можно получить здесь http://www.filedropper.com/book1_3