Вы можете использовать то, что предложил @Pascal, или вы также можете использовать
@org.hibernate.annotations.NamedNativeQuery(
callable=true,
name="queryname",
readOnly=true,
query="call sproc_name(?,:param)",
resultSetMapping="your_result_mapping"
)
полный список параметров см. javadoc
Единственная проблема этого подхода заключается в том, что параметр out (если он вам нужен) должен быть первым и должен выводить refcursor.
Также см. this (относится к функциям, но может быть изменено для sprocs). Эти примеры основаны на Oracle, но строка вызова легко модифицируется для MSSQl.
Я не знаю многого из HierarchyId. Можно ли представить его как пользовательский тип Hibernate или какой-либо из типов?