Дешевый, плохой ответ - у обоих приложений есть мягкая ссылка на общий каталог. Преимущество в том, что это просто глупо, но имеет проблемы с транзакционным типом. Поскольку вы говорите, что только одно приложение изменяет данные, а другое - только для чтения, вам может это сойти с рук, если второе приложение не может наблюдать файлы в частично созданном состоянии.
Использование БД безопасно с точки зрения транзакций, но будет довольно неприятно, когда файлы станут больше.