Вне моей головы (и с плохой информацией в вопросе), если есть столбец, содержащий часы, минуты и секунды, который я назову «время», я бы создал следующий столбец в кадре данных:
df['full_seconds'] = df['time'].dt.seconds
Или используйте простое исчисление суммирования часов, минут и секунд:
df['full_seconds'] = df['time'].dt.hour * 3600 + df['time'].dt.minute * 60 + df['time'].dt.second