вы можете посмотреть на это здесь, безусловно, отвечает, почему Eclipse не открывает окно вашей консоли
Кажется, нет никакого способа получить объект java.io.Console при запуске приложения через Eclipse. Окно консоли командной строки не открывается с приложением, так как оно запускается как фоновый процесс (фон для Eclipse?). В настоящее время нет плагина Eclipse для решения этой проблемы, в основном из-за того, что java.io.Console является финальным классом.
Все, что вы действительно можете сделать, это проверить возвращенный объект консоли на нулевое значение и продолжить оттуда.
Что касается появления окна консоли, вы можете использовать System.console в приложении
Надеюсь, это поможет