Я использовал два разных инструмента для генерации выравнивания всего генома. Теперь я хотел бы попытаться сравнить, как результаты обоих инструментов выглядят относительно друг друга.
У меня есть bam файлы из обоих, что было бы идеально, если бы я мог использовать напрямую.
Инструмент A: Инструмент B: alignmentA.bam alignmenttB.bam
Точка: aligmentA.bam alignmentB.bam
MyЦель состоит в том, чтобы создать сюжетный синтаксис, подобный показанному на рисунке.
Я искал повсюду, но по максимуму я нашел скрипты для сравнения файлов fastta. Я также видел last-dotplot, но не работает на нашем сервере, как и mummerplot. D-Genies не позволяет сравнивать два файла bam / alignment друг с другом.
Если кто-то знает какое-то решение, было бы здорово. При необходимости я также могу сгенерировать файлы paf или bed.
