Просто чтобы правильно понять проблему, когда вы говорите: «Внутренняя служба развертывается, но не запускается, также на службе приложений», означает ли это, что она не работает как локально, так и на службе приложений? Если он не работает локально, он может не работать в службе приложений. Таким образом, чтобы изолировать проблему, убедитесь, что она работает нормально локально.
Как правило, ошибка «500.30 In-Process Startup Failure» может возникнуть у рабочего процесса. Приложение не запускается. Базовый модуль ASP.NET пытается запустить .NET Core CLR в процессе, но не запускается. Причину запуска процесса обычно можно определить по записям в журнале событий приложений и в журнале стандартного вывода основного модуля ASP.NET.
Кроме того, убедитесь, что битность приложения (32 против 64 бит) настроена правильно. 
Я видел проблемы, которые часто возникали из-за сбоя в настройках приложения из-за нацеливания на версию общей платформы ASP.NET Core, которой нет. Проверьте, какие версии общей платформы ASP.NET Core установлены на целевом компьютере.