Вы можете использовать метод Items.ContainsKey
второго списка:
For Each itm As ListViewItem In Form1.ListView1.Items
' Check for item is ListView2
If Form1.ListView2.Items.ContainsKey(itm.Key) Then
' Set BackColor to Red
Form1.ListView2.Items.Item(itm.Key).BackColor = Color.Red
End If
Next
Предполагается, что вы заполнили оба списка с ключами, и оба элемента имели одинаковый ключ.