Основное различие между ними состоит в том, что WebFilter реализации работают для всех конечных точек, а HandlerFilterFunction реализации будут работать только для основанных на маршрутизаторе.
Так что, если вы используете конечные точки на основе Router, вы можете использоватьлюбой из них. Но если вы используете аннотации на основе (например, @RequestMapping / @GetMapping), вы можете использовать только WebFilter.