Это следует сделать, если порядок не важен
Df2 = [list(set(item)) for item in Df]
Если порядок важен, попробуйте код ниже
from collections import OrderedDict
Df2 = [list(OrderedDict.fromkeys(item)) for item in Df]
Ввод
Df = [[2,4,6,6,7],[3,4,5,7,9,3,5],[2,4,6,8]]
Выход1
Df2 = [[2, 4, 6, 7], [3, 4, 5, 7, 9], [8, 2, 4, 6]]
Выход2
Df2 =[[2, 4, 6, 7], [3, 4, 5, 7, 9], [2, 4, 6, 8]]