Вам нужно также выбрать строки, в которых выполняется ваше условие
Ca_spend$Amount[Ca_spend$Amount > Ca_spend$Limit] <- Ca_spend$Limit[Ca_spend$Amount > Ca_spend$Limit]/2
В противном случае на левой стороне вы видите только строки, на которых выполняется условие, а на правой стороне - все строкипоэтому не работает