После долгих проб и ошибок я обнаружил, что если вы запустите следующую функцию, она даст в основном желаемый результат. Я запускаю это при любом событии изменения для данного столбца.
var filterInstance = gridApi.getFilterInstance('yourColumn');
filterInstance.resetFilterValues()
Ошибка все еще должна быть исправлена ag-grid, но это достойный обходной путь. Было бы неплохо добавить некоторую логику для поддержки любых существующих фильтров, но в настоящее время это соответствует моим целям. Если у кого-то есть лучший подход, дайте мне знать. :)