В cocos2d мы можем добавить любой узел на любом узле. Но это зависит от уровня иерархии.
Вы можете добавлять слои на сцены. Если вам нужно то же свойство или искать все слои, которые вы добавляете в CCScene, вы можете добавить их в CCScene (как во втором случае). но если вы хотите иметь разные функции на каждом слое, добавьте их в CCLayer.
CCLayer предназначен для группировки набора узлов / спрайтов для какой-либо цели. Например, вы можете добавить слой, включающий параметры после приостановки игры, или слой HUD для отображения вида сома всегда на экране вместе с некоторым слоем прокрутки (аналогично некоторым играм с платформой прокрутки).
Наконец, вы можете даже использовать CCNode в CCScene, слой в другом слое и даже CCNode в CCSprite.
Но порядок рисования в графическом контексте в cocos2d отличается.
Надеюсь, вы получили разницу.
Удачи!