Разница в том, что jQuery
удаляет все элементы, которые соответствуют селектору, а чистый JS (в вашей версии) удаляет первый найденный узел. Чтобы удалить все , вы можете сделать что-то вроде этого.
const item = document.querySelectorAll('[type=item]');
for(let i=0,it;it=item[i];++i){
it.innerText === '' && it.parentNode.removeChild(it);
}