Нет. Как только вы вызываете нативный код (через JNI), этот нативный код может делать все что угодно (при условии, что сама ОС дает разрешение). Нет никакой концепции песочницы нативного кода, вызываемого из JVM.
Обратите внимание, что это особая головная боль с кодом JNI. Плохо закодированный собственный код может отключить JVM (в отличие от простого исключения), и последующая отладка / разрешение особенно трудны.