Дополнительная обратная косая черта в выходных данных является результатом запроса на создание TSV, поскольку «\» играет особую роль в TSQ jq (например, «\ t» означает символ табуляции).
Для сравнения рассмотрим:
jq -r '
.PropertyTable.Properties
| .[]
| [.CID, .IsomericSMILES]
| join("\t")' smiles.json
5317139 CCC/C=C\1/C2=C(C3C(O3)CC2)C(=O)O1