Если они все в текущем каталоге, вы можете просто вызвать программу с шаблоном. Оболочка развернет его и вызовет программу с совпадающими именами файлов.
program -input *A*.b
Если вы действительно хотите рекурсивный поиск по подкаталогам, используйте -exec
. И не забудьте процитировать шаблон, чтобы оболочка не не расширяла его.
find . -name '*A*.b' -exec program -input {} +