У меня просто был похожий опыт. Осматривая, я обнаружил, что в моем представлении не определена безопасная область (использование файловых инструкций по безопасной области не проверялось в File Inspector). Это был старый XIB из предыдущих руководств по безопасной зоне.
После изменения этого параметра и затем настройки моих ограничений AutoLayout, чтобы ссылаться на это, а не на представление, все начало правильно выравниваться, и иерархия представления и симулятор совпали.
Не уверен, что это абсолютный ответ наВаша ситуация, но она разрешила мою, которая кажется похожей.