Надеюсь, я понял ваш макет из того, что вы предоставили.
Это мое мнение о том, что у вас может получиться, что работает.
Контроллер - main.php
public function index() {
$data_view['content'] = "<h3>This is content</h3>";
$data['content'] = $this->load->view('myview', $data_view, TRUE);
$this->load->view('template', $data);
}
Просмотр - template.php
<h1>My Template</h1>
<?php
$this->load->view('custom_menu', array('select' => FALSE));
?>
<?= $content; ?>
Просмотр - myview.php
<?php
$this->load->view('custom_menu', array('select' => TRUE));
echo $content;
Вид - custom_menu.php
<?php if ($select):?>
<h2>Menu 1 - When Select is TRUE</h2>
<?php else: ?>
<h2>Menu 2 - When Select is FALSE</h2>
<?php endif;?>
В результате получается HTML-вывод (из браузера) ...
<h1>My Template</h1>
<h2>Menu 2 - When Select is FALSE</h2>
<h2>Menu 1 - When Select is TRUE</h2>
<h3>This is content</h3>
Так что он работает просто отлично.
Это то, что вы пытаетесь сделать?