Вы можете использовать сортировку по столбцу и удалять дубликаты, чтобы сделать это
df = pd.DataFrame([['A', 'B'], ['B', 'A'], ['A', 'C'], ['C', 'B'], ['B', 'D']], columns=('col_1', 'col_2'))
result = df.loc[pd.DataFrame(np.sort(df, axis=1), index=df.index).drop_duplicates().index]
Результат
col_1 col_2
0 A B
1 B A
2 A C
3 C B
4 B D
col_1 col_2
0 A B
2 A C
3 C B
4 B D