после загрузки file.html с inappbrowser у меня есть скрипт-тег, который вызывает файл default_protocol_main.js
В Default_protocol_main.js все работает нормально, кроме
alert (cordova.version);
не в состоянии понять, что вы пытаетесь передать, предоставьте исходный код так, как вы его используете, тогда это может быть возможно