Вы можете использовать следующее в начале каждого скрипта:
# set the R scripts working directory
library(rstudioapi)
current_path <- getActiveDocumentContext()$path
if (getwd() != current_path){
setwd(dirname(current_path ))
}
Этот фрагмент кода определит рабочий каталог как местоположение скрипта, это действительно полезно при работе с несколькими скриптами, которые имеютмного зависимостей, и они терпят неудачу из-за неправильного рабочего каталога
РЕДАКТИРОВАТЬ
После лучшего понимания желаемого поведения из комментариев, вы должны заключить код в иерархию проекта иустановите рабочий каталог проекта по умолчанию на нужный.
Код, который я добавил выше, подходит для случая, когда вы хотите, чтобы ваши скрипты запускались независимо от рабочего каталога сеанса