Трейлинг ";"не должны быть включены в ваше заявление. Кроме того, вы должны использовать переменные связывания вместо литеральных значений, встроенных в ваш SQL. Вот как то так:
x = datetime.now()
cur.execute("""
update HMA_UTILITIES.REFRESH_DATA set
REC_UPDATE_DATE = :rec_update_date,
STATUS = 'FINISHED'
where JOB_ID = :job_id""",
rec_update_date=x,
job_id=id)