Я работаю с фреймом данных, который состоит из столбца с номерами в формате: [[45, 45, 'D'],[46, 49, 'C'],[50, 66, 'S'],[67, 101, 'C'],[102, 103, 'S'],[104, 106, 'C'],[107, 108, 'S'],[109, 120, 'C'],[121, 121, 'S'],[122, 123, 'C'],[124, 140, 'S'],[141, 149, 'C'],[150, 176, 'S'],[177, 178, 'C'],[179, 181, 'S'],[182, 194, 'C'],[195, 213, 'S'],[214, 21``7, 'C']]
Эти числа соответствуют позициям символов в строке: то есть в строке: 'MGILSFLPVLATESDWADCKSPQPWGHMLLWTAVLFLAPVAGTPAAPPKAVLKLEPQWINVLQEDSVTLTCRGTHSPESDSIQWFHNGNLIPTHTQPSYRFKANNNDSGEYTCQTGQTSLSDPVHLTVLSEWLVLQTPHLEFQEGETIVLRCHSWKDKPLVKVTFFQNGKSKKFSRSDPNFSIPQANHSHSGDYHCTGNIGYTLYSSKPVTITVQAPSSSPMGIIVAVVTGIAVAAIVAAVVALIYCRKKRISALPGYPECREMGETLPEKPANPTNPDEADKVGAENTITYSLLMHPDALEEPDDQNRI'
Как видите, некоторые символы в списке не соответствуют номерам в списке номеров (т. Е.) 0-44 отсутствует. Таким образом, символы в 0-44-й позиции должны быть удалены, чтобы создать более короткую последовательность букв.
Я могу сделать это для одной строки, но я изо всех сил стараюсь сделать это для каждой строки во фрейме данных.
Это код для выполнения одной строки:
new_s = ''
for item in res:
new_s += strSeq[item[0]-1:item[1]]
print(len(new_s), new_s)
И вот что я пытался получить для всех строк:
shortenedSeq_list =[]
counter=0
stringstring=[]
for rows in df.itertuples():
strSeq2 = [rows.sequence]
strremove2 = [rows.shortened_mobidb_consensus]
for item in strremove2:
res = ast.literal_eval(item)
for item in res:
stringstring.append(strSeq2[item[0]-1:item[1]])
stringstring
Но это приводит к выводу:
[],
[],
[],
[],
[],
[],
[],
[],
[],
['MGKGKPRGLNSARKLRVHRRNNRWAETTYKKRLLGTAFKSSPFGGSSHAKGIVLEKIGIESKQPNSAIRKCVRVQLIKNGKKVTAFVPNDGCLNFVDENDEVLLAGFGRKGKAKGDIPGVRFKVVKVSGVSLLALWKEKKEKPRS'],
[],
[],
В то время как я хочу, чтобы каждая строка в списке была сокращенной последовательностью.
В конечном итоге я хочу добавить этот список в виде столбца в кадре данных.
ОБНОВЛЕНИЕ
Числа выводятся в виде строки, а неlist, поэтому res - это числа в виде списка, и это вывод рабочего кода:
173 AAPPKAVLKLEPQWINVLQEDSVTLTCRGTHSPESDSIQWFHNGNLIPTHTQPSYRFKANNNDSGEYTCQTGQTSLSDPVHLTVLSEWLVLQTPHLEFQEGETIVLRCHSWKDKPLVKVTFFQNGKSKKFSRSDPNFSIPQANHSHSGDYHCTGNIGYTLYSSKPVTITVQAP, где 173 - длина сокращенной последовательности, за которой следует последовательность.
dfобразец:
shortened_mobidb_consensus;sequence
[[45, 45, 'D'], [46, 49, 'C'], [50, 66, 'S'], [67, 101, 'C'], [102, 103, 'S'], [104, 106, 'C'], [107, 108, 'S'], [109, 120, 'C'], [121, 121, 'S'], [122, 123, 'C'], [124, 140, 'S'], [141, 149, 'C'], [150, 176, 'S'], [177, 178, 'C'], [179, 181, 'S'], [182, 194, 'C'], [195, 213, 'S'], [214, 217, 'C']];MGILSFLPVLATESDWADCKSPQPWGHMLLWTAVLFLAPVAGTPAAPPKAVLKLEPQWINVLQEDSVTLTCRGTHSPESDSIQWFHNGNLIPTHTQPSYRFKANNNDSGEYTCQTGQTSLSDPVHLTVLSEWLVLQTPHLEFQEGETIVLRCHSWKDKPLVKVTFFQNGKSKKFSRSDPNFSIPQANHSHSGDYHCTGNIGYTLYSSKPVTITVQAPSSSPMGIIVAVVTGIAVAAIVAAVVALIYCRKKRISALPGYPECREMGETLPEKPANPTNPDEADKVGAENTITYSLLMHPDALEEPDDQNRI
[[1, 1, 'D'], [2, 143, 'S'], [144, 145, 'C']];MGKGKPRGLNSARKLRVHRRNNRWAETTYKKRLLGTAFKSSPFGGSSHAKGIVLEKIGIESKQPNSAIRKCVRVQLIKNGKKVTAFVPNDGCLNFVDENDEVLLAGFGRKGKAKGDIPGVRFKVVKVSGVSLLALWKEKKEKPRS
[[1, 145, 'S']];MGKGKPRGLNSARKLRVHRRNNRWAETTYKKRLLGTAFKSSPFGGSSHAKGIVLEKIGIESKQPNSAIRKCVRVQLIKNGKKVTAFVPNDGCLNFVDENDEVLLAGFGRKGKAKGDIPGVRFKVVKVSGVSLLALWKEKKEKPRS
[[1, 1, 'D'], [2, 2, 'C'], [3, 37, 'S'], [38, 39, 'C'], [40, 40, 'S'], [41, 41, 'C'], [42, 62, 'S'], [63, 65, 'C'], [66, 231, 'S']];MSKNILVLGGSGALGAEVVKFFKSKSWNTISIDFRENPNADHSFTIKDSGEEEIKSVIEKINSKSIKVDTFVCAAGGWSGGNASSDEFLKSVKGMIDMNLYSAFASAHIGAKLLNQGGLFVLTGASAALNRTSGMIAYGATKAATHHIIKDLASENGGLPAGSTSLGILPVTLDTPTNRKYMSDANFDDWTPLSEVAEKLFEWSTNSDSRPTNGSLVKFETKSKVTTWTNL
[[24, 29, 'D'], [30, 91, 'S'], [92, 92, 'D']];MKVSTTALAVLLCTMTLCNQVFSAPYGADTPTACCFSYSRKIPRQFIVDYFETSSLCSQPGVIFLTKRNRQICADSKETWVQEYITDLELNA