В вашем случае, когда у вас есть "% Y-% m-% d" и "% Y /% d /% m", вы можете использовать as.Date, включая формат, который он имеет. Так, например:
input <- c("2019-10-11", "2019/27/10", "2014-12-10")
Если вы используете:
input2 <- ifelse(grepl("/",input), format(as.Date(input,"%Y/%d/%m"),"%Y-%m-%d"), input)
, то:
> input2
[1] "2019-10-11" "2019-10-27" "2014-12-10"