В Java 6 вам не помогут ни аннотация @Depreated, ни флаг компилятора. Единственное решение, которое сработало для меня, - это добавить комментарий javadoc с тегом @ не рекомендуется (маленькие заглавные буквы) к устаревшему методу:
/**
* @deprecated overriding deprecated method
*/
@Override
public javax.xml.bind.Validator createValidator() throws JAXBException {...}
(Пример из класса, производного от JAXBContext.)
(Я не импортировал устаревший класс Validator, чтобы избежать предупреждения в операторе импорта.)