Зависимости автоматически управляются с помощью метаданных, включенных в функции. Получаемая ошибка указывает на то, что вы пытаетесь установить функции, для которых требуется более высокая версия некоторых основных функций, уже присутствующих в вашей установке Eclipse - хотя Eclipse очень модульный, и даже несколько версий одной и той же функции могут сосуществовать в одной установке, это не относится к числу основных функций.
Полагаю, вы пытаетесь установить WTP для выпуска Galileo в Ganymede. Или вы просто слишком долго использовали установку Eclipse и уже установили слишком много функций - это происходит время от времени. Ваш лучший шанс - загрузить новую версию Galileo.
Кстати: большинство частей WTP уже установлены во многих (всех?) Дистрибутивах Ganymede, менеджер обновлений 3.4 просто не ясно указывает, что эта функция уже установлена