Возможно работать с двумя разными контекстами БД в одном проекте. Согласно вашему заявлению, вы хотите добавить внешний ключ в dbcontext, но вы должны просто добавить внешний ключ в базу данных и создать модель, все остальное будет работать нормально.
Scaffold и создать модель также в контексте вашего проекта. Который поможет во взаимодействии с вашей таблицей AspNetUser напрямую