Ответ таков: ссылка должна превосходить локальный файл в большинстве современных браузеров, но на самом деле это зависит от реализации с неосновными браузерами (хотя вы, вероятно, не особо заботитесь о других браузерах, кроме IE, Firefox, Safari и Chrome)
Это также должно быть довольно просто проверить самостоятельно. Просто поместите файл favicon.ico
в папку сайта, а также добавьте ссылку на файл разного вида на статическом сервере и посмотрите, какой из них загружен в разных браузерах.