Вызов функций GSL через NativeCall в Raku выдает ошибку - PullRequest
Новая
       60

Вызов функций GSL через NativeCall в Raku выдает ошибку

6 голосов
/ 11 декабря 2019

Проблема

Я пытаюсь вызвать накопительную функцию распределения функции chisq in GSL из raku.

Это мой скрипт raku chisq.raku

#Calling gsl_cdf_chisq-P function in GSL from raku

use NativeCall;

sub gsl_cdf_chisq_P(num64, num64) returns num64 is native('gsl') { * };
sub gsl_cdf_chisq_Q(num64, num64) returns num64 is native('gsl') { * };


sub pchisq($q, $df, $lower-tail = True) {
  my $a = $q.Num;
  my $b = $df.Num;
  if $lower-tail == True {
    return gsl_cdf_chisq_P($a, $b)
  } else {
    return gsl_cdf_chisq_Q($a, $b)
  }
  }

say pchisq(3,4);

При выполнении этого скрипта я получаю следующую ошибку: 

Cannot locate native library '(null)': /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgsl.so: undefined symbol: cblas_ctrmv
  in method setup at /usr/share/perl6/core/sources/947BDAB9F96E0E5FCCB383124F923A6BF6F8D76B (NativeCall) line 286
  in block gsl_cdf_chisq_P at /usr/share/perl6/core/sources/947BDAB9F96E0E5FCCB383124F923A6BF6F8D76B (NativeCall) line 578
  in sub pchisq at chisq.raku line 13
  in block <unit> at chisq.raku line 19

При чтении документации по NativeCall , я включаю общую библиотеку libgsl.so.

Поиск в Google показал, что cblas_ctrmv возможно (не уверен) связан с lapack .

Так что яискал liblapack.so, который действительно присутствовал внутри /usr/lib. echo $LD_LIBRARY_PATH показал 

/usr/local/lib/R/lib::/lib:/usr/local/lib:/usr/lib/x86_64-linux-gnu:/usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/server

Чтобы проверить, могу ли я это исправить, я добавил /usr/lib к LD_LIBRARY_PATH с помощью команды export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/lib и попытался снова запустить скрипт.

Все еще не работает, то же сообщение об ошибке.

Среда:

Я выполняю код в Docker-контейнере внутри rstudio .

Raku версия 2019.11

Имеет gsl-dev файлы и gsl библиотеку. Контейнер имеет общую библиотеку libgsl.so внутри /usr/lib/x86_64-linux-gnu/. Другие общие библиотеки в этой папке: enter image description here

Есть ли способ заставить его работать?

Ответы [ 2 ]

3 голосов
/ 21 декабря 2019

Я убедился, что версия libgsl и libgslcblas, поставляемая с Ubuntu 18.04, выдает ошибку, которую вы обнаружили. Я установил версию обеих библиотек Debian Buster (даже если это не очень хорошая практика), и это чудесным образом излечило проблему.

2 голосов
/ 28 декабря 2019

Похоже, что базовый образ rocker/rstudio обновлен до debian:buster.

После установки libgsl23 проблема решена.

Теперь работает !!

...