Это должно работать, если вам это нужно, сообщите мне, и я обновлю ответ, я был не уверен, основываясь на вашем вопросе:
input_list = [[1,2,3,4,5,6,7,8,9,0],[3,5,7,9,0],[1,2,3,4,5]]
remove_list = [1,4,7,0]
def eliminate(input_list, remove_list):
new_list=[]
for item in input_list:
new_list.append(list(set(item) - set(remove_list)))
return new_list
new_list = eliminate(input_list, remove_list)
new_list
[[2, 3, 5, 6, 8, 9], [9, 3, 5], [2, 3, 5]]