Проблема оказалась в том, что командный файл пытался найти другой файл, необходимый для запуска, выполнить код, но поскольку пользователь windows изменил его, он смотрел в другую папку пользователей. Мы решили это, передав путь к файлу в качестве параметра, чтобы он не по умолчанию находился в папке учетных записей пользователей, из которой он выполнялся.