Нашел решение моей проблемы. Проблема заключалась в том, что Linux создавал файл в формате UTF-8, и тот же файл читался windows в его формате по умолчанию, то есть windows -1252 (это для java8)
Так нам нужно установить Java Опции инструмента для использования UTF-8. Для этого добавьте строку ниже в ваш файл gradle.properties
org.gradle.jvmargs=-Xmx4096m -XX:MaxPermSize=512m -XX:+HeapDumpOnOutOfMemoryError -Dfile.encoding=UTF-8
Это важно "-Dfile.encoding = UTF-8"
Я нашел это в одном из сообщений SO, не могу найди это сейчас. Как только я найду, это свяжет это.