EntityFramework 6.1 не поддерживает. NET Core. EntityFramework 6.3 и позже делают.
Итак, увеличьте версию EF до версии 6.4, и это предупреждение должно go исчезнуть. Вы также можете рассмотреть возможность перехода на EF Core 3.x, но это не замена для EntityFramework 6.