Я бы оставил исходные первичные ключи в качестве «альтернативных ключей» и добавил бы новый первичный ключ с автоматическим номером в результирующую таблицу (объединенную).
Затем вам нужно будет удалить правила целостности для таблиц с внешними ключами в исходные таблицы и запустить для них обновления, чтобы установить для их внешних ключей значение в новом первичном ключе в полученной таблице.
Восстановите правила целостности между этими таблицами и полученной таблицей и удалите старый альтернативный ключ и старые таблицы.