Не уверен, отвечал ли я на это раньше, но вы достигаете этого, задавая позицию: абсолютную по отношению к фону. если вы хотите, чтобы фон появился за двумя div, уменьшите z-index. Кроме того, я думаю, что вы видите два других div друг над другом из-за отрицательного поля.
var logo = document.querySelector( "#logo" );
var bg = document.querySelector( "#bg" );
var rect_logo = logo.getBoundingClientRect();
var rect_bg = bg.getBoundingClientRect();
var filler = document.getElementById('filler');
filler.style.height=logo.offsetHeight + "px";
#container{
height:100vw;}
#logo{
display:inline-block;
color:white;
background-color:lightblue;
position:relative;
width:20%;
height:5%;
text-align:center;
vertical-align:top;
z-index:10;
margin-left:100px;
overflow:visible;
}
#filler{
display:inline-block;
position:relative;
width:50px;
background-color:green;
vertical-align:top;
z-index:15;
margin-left:-75px;
overflow:visible;
}
#bg{
display:inline-block;
color:white;
background-color:blue;
width:100%;
height:90vw;
overflow:visible;
position:absolute;
z-index:5;
}
<div id="container">
<div id="logo">LOGO</div>
<div id="filler"></div>
<div id="bg">BackGround</div>
</div>
Лучшим подходом будет добавить два других div в фоновом div