Если количество файлов и папок, которые нужно удалить, является известным количеством, вы можете использовать таблицу RemoveFile, чтобы указать файлы и папки для удаления. InstallShield показывает это в компонентах в разделе «Дополнительно» или в прямом редакторе.
https://docs.microsoft.com/en-us/windows/win32/msi/removefile-table
Если ваши файлы находятся в неизвестной структуре каталогов, вам придется написать пользовательское действие.
В качестве отступления, иногда, если вы измените свое приложение, поместив эти файлы в C: \ ProgramData ([CommonAppDataFolder]) вместо C: \ Program Files, люди станут менее чувствительны к вещам, оставленным позади.
Если их оставить позади вас чувствует себя «грязным», вы считаете, что это руководство по проектированию от Microsoft, которое оставляет пользовательские данные при удалении.