new FileReader("project.csv")
говорит читателю искать файл в текущем рабочем каталоге, который, скорее всего, является вашей пользовательской папкой. Чтобы получить файлы на рабочем столе, выполните:
new FileReader("/desktop/project.csv")
Но, чтобы быть в безопасности, я бы использовал абсолютный путь и включил его в каталог пользователя:
new FileReader(System.getProperty("user.home") + "/desktop/project.csv")