Я использовал Let's encrypt для многих сайтов. Я никогда не сталкивался с такими проблемами. Просто убедитесь, что вы установили его правильно.
Я предлагаю использовать межсетевой экран и соединение S SH с надежными паролями. Настройте брандмауэр для разрешения входящих подключений HTTPS (ПОРТ 443). Вы можете запретить HTTP-соединения, если хотите, и разрешить указывать c IP-адреса и диапазоны портов.
Как только вы это сделаете, это будет зависеть от того, насколько эффективен ваш код. Одним из распространенных методов веб-взлома является SQL инъекция. Я предлагаю использовать PDO.
Надеюсь, это поможет!