Eclipse знает о Tomcat и предоставляет ему собственный набор веб-приложений, не сохраняя их в каталоге webapps автономной версии. Как я уже сказал в ответе на вопрос, на который вы ссылаетесь, вы можете написать свое собственное приложение ROOT, и если eclipse перезапишет уже существующее приложение, вы, возможно, не будете рады этому.
Чтобы запустить приложение helloworld в отдельном коте, создайте архив helloworld.war и разверните его в отдельном коте, скопировав его в каталог webapps.
В основном вы используете два сервера с разной конфигурацией, даже если они могут использовать один и тот же код и использовать один и тот же номер порта .