В C# вам нужно сделать это вручную, насколько мне известно, вы должны открыть оба набора данных, получить нужные вам полосы, произвести расчеты на них, а затем создать новый выходной файл, записав каждый из новые данные в другой диапазон.
На странице GDAL / OGR In CSharp есть несколько примеров:
https://trac.osgeo.org/gdal/browser/trunk/gdal/swig/csharp/apps
Для Растры, вам нужно внимательно прочитать GDALReadDirect.cs и GDALDatasetRasterIO.cs
Если вы действительно видите, что то, что вы хотите сделать, имеет более простое решение в Python, я бы сделал это вместо этого.
Обмен ГИС-стеками - хорошее место для вопросов по этим темам.