Расширения файлов (которых нет, например, linux) не обязательно должны что-либо говорить о содержимом файла. Ваш файл pem также может содержать закрытый ключ. Вы должны убедиться, что это не так, прежде чем регистрировать его в cvs.
В трастовых магазинах обычно хранятся сторонние сертификаты, которые опубликованы c по своей структуре, поэтому безопасно регистрироваться.