GitHub API не предоставляет способ обхода путей в репозитории, а Git не предоставляет способ удаленного перечисления путей.
Поскольку вы работаете с GitHub, вы можно использовать API для получения архивного URL , который предоставит вам tar-архив или zip-файл, содержащий все файлы в данной ревизии. Если вы используете tarball, вы можете затем использовать tar для извлечения только тех файлов, которые вам интересны, передавая его по типу tar -xf - --wildcards "*.msi".
Если вы не хотите этого делать, тогда вам нужно будет клонировать репозиторий вручную. Вы можете использовать неглубокий клон, если хотите получить только одну ревизию, а не всю историю.