Нет, это не влияет на таблицу напрямую.
Хотя манипулирование ссылочной таблицей может привести к нарушениям ограничений. Например, если какие-либо строки из ссылочной таблицы указывают на ссылочную таблицу, и вы хотите удалить последнюю, возникнет исключение. Сначала вам нужно избавиться от отношений.
PS: Также будьте осторожны с такими структурами отображения, как hibernate - вам нужно правильно определить отношения, чтобы не каскадировать какие-либо изменения в родительской таблице.