Нет, установка value
для 50 элементов не медленная, а почти мгновенная. Ваши проблемы с производительностью должны быть в другом месте. Попробуйте посмотреть на вкладку производительности консоли разработчика в chrome.
for (let i = 0; i < 50; i++)
document.querySelector('div').appendChild(document.createElement('input'));
let reset = val => [...document.querySelectorAll('input')]
.forEach(el => el.value = val);
reset(40);
document.querySelector('button').addEventListener('click', () => reset(Math.random() * 100));
<button>random</button>
<div></div>